Libros registro obligatorios del autónomo y sus sanciones

Casi nadie se da de alta pensando en la contabilidad. Y sin embargo, cuando Hacienda llama a la puerta, lo primero que pide no son las facturas sueltas: pide los libros. Los libros registro del autónomo son la columna vertebral de su defensa frente a una comprobación, y no llevarlos —o llevarlos mal— tiene un precio tasado en la Ley General Tributaria.

En este artículo le explicamos qué libros está obligado a llevar según su régimen fiscal, qué debe anotar exactamente en cada uno, en qué plazo, cuánto tiempo hay que conservarlos y qué sanciones se arriesga si no lo hace. Todo con la norma delante.

Contabilidad mercantil o libros registro: no es lo mismo

Antes de nada conviene deshacer una confusión muy extendida. Un autónomo persona física puede estar en dos situaciones distintas, y no llevan la misma carga.

Si desarrolla una actividad empresarial con carácter mercantil y determina su rendimiento en la modalidad normal de estimación directa, el artículo 68.2 del Reglamento del IRPF (Real Decreto 439/2007) le obliga a llevar contabilidad ajustada al Código de Comercio: libro diario, libro de inventarios y cuentas anuales. Es la obligación más pesada, y afecta a una minoría de autónomos.

Para todos los demás —la inmensa mayoría— la obligación se reduce a llevar libros registro fiscales. Son mucho más sencillos: hojas de cálculo estructuradas, en la práctica. Pero son obligatorios, y su contenido mínimo está reglado.

Qué libros registro debe llevar un autónomo según su régimen

El artículo 68 del Reglamento del IRPF distribuye la obligación en función de dos variables: si su actividad es empresarial o profesional, y qué método de determinación del rendimiento aplica. Esta es la traducción práctica.

A esto se superpone el IVA. El artículo 62 del Reglamento del IVA (Real Decreto 1624/1992) exige con carácter general cuatro libros: facturas expedidas, facturas recibidas, bienes de inversión y determinadas operaciones intracomunitarias. Quedan fuera las actividades acogidas a los regímenes especiales simplificado, de agricultura, ganadería y pesca y de recargo de equivalencia, con las salvedades de su propia normativa.

La buena noticia: no hay que duplicar

El artículo 12 de la Orden HAC/773/2019 permite expresamente que los libros registro del IRPF sirvan también a efectos del IVA, siempre que se ajusten a los requisitos del Reglamento del IVA. Su artículo 62.3 dice lo mismo en sentido inverso. Un único juego de libros bien construido, con las columnas necesarias, cubre ambos impuestos.

Qué hay que anotar y en qué plazo

Desde el ejercicio 2020 la llevanza de estos libros se rige por la Orden HAC/773/2019, de 28 de junio, que derogó la vieja orden de 1993. Su gran novedad fue exigir el NIF de la contraparte en cada anotación de ingresos y de gastos, algo que hoy es rutina pero que en su día obligó a rehacer plantillas.

• Libro de ventas e ingresos. Número y serie de la factura, fecha de expedición y de realización de la operación si difieren, nombre y NIF del destinatario, concepto con el desglose del modelo de IRPF vigente, importe o base imponible, tipo y cuota de IVA, y el tipo y el importe de la retención si la operación está sujeta a ella.
• Libro de compras y gastos. Los mismos campos referidos al proveedor, más el importe que efectivamente se considera gasto deducible en el IRPF, que no siempre coincide con el total de la factura.
• Libro de bienes de inversión. Cada elemento afecto, individualizado: descripción, proveedor, valor de adquisición y valor amortizable, método y porcentaje de amortización, cuota del ejercicio, amortización acumulada y, en su caso, fecha y motivo de la baja.
• Libro de provisiones de fondos y suplidos. Solo para profesionales. Número de anotación, naturaleza del movimiento, fechas, importe, NIF del pagador o perceptor y factura en que se refleja.

Los libros deben llevarse «con claridad y exactitud, por orden de fechas, sin espacios en blanco y sin interpolaciones, raspaduras ni tachaduras», y totalizarse por trimestres y años naturales (art. 9 de la Orden). Si desarrolla varias actividades, necesita libros independientes para cada una.

Los plazos de anotación

1. Regla general en IRPF. Las operaciones deben estar asentadas antes de que finalice el plazo para declarar e ingresar el pago fraccionado del trimestre correspondiente (art. 10.1 de la Orden HAC/773/2019).
2. Operaciones sin factura. Siete días desde que se realiza la operación o se expide el documento, si ese plazo resulta menor que el anterior (art. 10.2).
3. Facturas recibidas. Se anotan por el orden en que se reciben y dentro del período impositivo en que proceda su deducción (art. 10.3). En IVA, el artículo 69.3 del Reglamento del impuesto establece la misma lógica referida al período de liquidación.
4. Errores detectados. El artículo 11 obliga a rectificar inmediatamente que se adviertan, mediante una anotación que permita reconstruir los ingresos y gastos del trimestre ya corregidos. No vale reescribir el asiento original.

Qué le puede costar no llevar los libros

Aquí es donde el asunto deja de ser burocrático. El artículo 200 de la Ley General Tributaria tipifica como infracción grave el incumplimiento de las obligaciones contables y registrales, e incluye expresamente la inexactitud u omisión de operaciones, la no llevanza o conservación de los libros y el retraso superior a cuatro meses.

Fíjese en la tercera fila: la sanción por no llevar los libros no es una cantidad simbólica, sino un porcentaje sobre la cifra de negocios. Para un autónomo que factura 90.000 euros, ese 1 % son 900 euros por ejercicio, y la Administración puede revisar los cuatro no prescritos.

Conviene no confundir esta infracción con la del artículo 201 de la misma ley, que sanciona el incumplimiento de las obligaciones de facturación: 1 % de las operaciones cuando se incumplen los requisitos formales, 2 % cuando directamente no se expide o no se conserva la factura, y un 75 % en el caso muy grave de facturas con datos falsos o falseados. Son dos planos distintos que pueden concurrir en la misma comprobación.

Cuánto tiempo hay que guardarlo todo

El artículo 68.1 del Reglamento del IRPF obliga a conservar justificantes y documentos «durante el plazo máximo de prescripción», que según el artículo 66 de la Ley General Tributaria es de cuatro años. El artículo 19 del Reglamento de facturación (Real Decreto 1619/2012) remite igualmente al plazo de la Ley General Tributaria para facturas recibidas y copias de las expedidas.

Ahora bien, cuatro años es el suelo, no el techo. Hay que tener presente que:

• El plazo se reinicia. Cualquier actuación administrativa con conocimiento formal del obligado, o una declaración complementaria, interrumpe la prescripción y abre un nuevo cómputo de cuatro años.
• El Código de Comercio va más allá. Su artículo 30 impone a los empresarios conservar libros, correspondencia y justificantes durante seis años desde el último asiento, y el cese en la actividad no exime de este deber.
• Los bienes de inversión tienen vida propia. Un elemento que se amortiza a lo largo de diez ejercicios debe poder justificarse mientras siga generando gasto deducible, por muy antigua que sea la factura de compra.
• Bases negativas y deducciones pendientes. Si arrastra importes de ejercicios anteriores, necesitará acreditar su origen cuando los aplique, aunque el ejercicio de origen esté prescrito.

Libros, facturación y Verifactu: tres cosas distintas

Una advertencia final, porque genera bastante ruido entre autónomos y pymes de Alicante y Elche. El nuevo sistema de facturación verificable afecta a cómo se emiten las facturas y a los requisitos que deben cumplir los programas informáticos —el artículo 29.2.j) de la Ley General Tributaria exige que garanticen la integridad, conservación, trazabilidad e inalterabilidad de los registros—, pero no sustituye a los libros registro. Son obligaciones acumulativas: seguirá teniendo que llevarlos.

Puede consultar el estado actual de esa reforma en nuestro artículo sobre Verifactu y su aplazamiento a 2027 para autónomos y pymes.

Distinto es el caso de quienes liquidan el IVA mensualmente: el artículo 62.6 del Reglamento del IVA les obliga a llevar los libros registro a través de la sede electrónica de la AEAT mediante el suministro inmediato de los registros de facturación. El resto puede acogerse voluntariamente. El retraso en ese suministro tiene su propia sanción en el artículo 200.3 de la Ley General Tributaria: un 0,5 % del importe de la factura, con un mínimo trimestral de 300 euros y un máximo de 6.000.

Si tiene dudas sobre qué libros le corresponden por su epígrafe y su régimen, o si arrastra ejercicios sin ordenar, en nuestro despacho de la Avenida Aguilera revisamos su situación registral antes de que lo haga la Administración. Es infinitamente más barato en ese orden. Cuéntenos su caso y le diremos con claridad qué hay que arreglar.

Preguntas frecuentes

Este artículo contiene información general actualizada a la fecha de publicación y no sustituye al asesoramiento fiscal individualizado. La normativa tributaria cambia con frecuencia y su aplicación depende de las circunstancias concretas de cada contribuyente.